Các trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt khác để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
a) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ mua vào với hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng. Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba (3) bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
b) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền; cấn trừ công nợ qua người thứ ba mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền bao gồm cả trường hợp bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với khoản tiền mà người bán hỗ trợ cho người mua, hoặc nhờ người mua chi hộ.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng ( bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định, thì việc thanh toán theo ủy quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một phát nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.
Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hóa đơn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào.
d) Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được thanh toán qua ngân hàng vào tài khoản của bên thứ ba mở tại Kho bạc Nhà nước để thực hiện cưỡng chế bằng biện pháp thu tiền, tài sản do tổ chức, cá nhân khác đang nắm giữ (theo Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) thì cũng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Ví dụ 68:
Công ty A mua hàng của Công ty B và Công ty A đang còn nợ tiền hàng của Công ty B. Tuy nhiên Công ty B đang còn nợ tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Căn cứ Luật Quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thu tiền, tài sản của Công ty B do Công ty A đang nắm giữ để thi hành quyết định hành chính thuế thì khi Công ty A chuyển tiền vào tài khoản thu ngân sách cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.
Ví dụ 69:
Công ty C thực hiện ký hợp đồng kinh tế với Công ty D về việc cung cấp hàng hóa và Công ty D đang còn nợ tiền hàng của Công ty C.
Thực hiện Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc yêu cầu thu toàn bộ số tiền mà Công ty D đang còn nợ Công ty C để chuyển vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền mở tại Kho bạc Nhà nước để giải quyết “Tranh chấp hợp đồng mua bán hàng hóa” giữa Công ty C và đối tác.
Khi Công ty D chuyển trả số tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (việc chuyển tiền này không được quy định cụ thể trong hợp đồng mua bán giữa Công ty C và Công ty D) thì trường hợp này cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng, số thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh số của hàng hóa mua vào được kê khai, khấu trừ.